El MCP es responsable de la elaboración de las solicitudes de financiamiento al Fondo Mundial. Para ello se conforma un equipo de especialistas, financieros y programáticos,  integrado por representantes Ministerio de Salud, Agencias de Cooperación Internacional y Organizaciones de Sociedad Civil.  El Fondo Mundial solicita que dentro de estos comités también participen los grupos clave y personas afectadas por las enfermedades, con el fin de garantizar que sus necesidades estén incluidas en la propuesta.

Luego de enviar la solicitud de financiamiento para revisión y aprobación del Fondo Mundial, el MCP debe lanzar una convocatoria pública a organizaciones interesadas en ser el Receptor Principal para administrar los recuros.  Las propuestas son evaluadas por un comité el cual verifica si el solicitante reune los requerimientos necesarios.  Para ello se realiza una evaluación de capacidades técnicas y financieras y se consideran otros aspectos como la experiencia, espacio físico, RRHH,  entre otros.

El MCP debe contar con un Comité de Monitoreo Estratégico, el cual da seguimiento de la implementación de las propuestas e identificar las áreas de oportunidad para el mejoramiento del trabajo de los RP.  El Comité presenta informes a la Asamblea del MCP y brinda sus recomendaciones para apoyar al RP durante la implementación de las subvenciones.